到目前为止，全球已出现了多种多样的FSC森林认证体系，在不同的体系下其认证的程序也不完全一样，但主要步骤是相同的，即申请、检查（或审计）、做出决定和颁发证书。

森林经营单位在申请FSC森林认证之前要进行自我评估，为正式认证做准备，步骤为：

第一步：评估FSC森林认证的必要性。森林经营单位应确认本单位是否有开展认证的必要，即认证将为企业经营带来收益，诸如认证将提高产品的市场竞争力，认证的收益将超过认证成本等等。

第二步：选择合适的认证证书和认证机构。森林经营单位应根据消费者或市场对某种认证证书的需求，决定选择哪种认证体系。

第三步：开展内部评估。森林经营单位在正式认证之前，应进行内部的初步评估，包括对认证标准的选择，本地条件下标准的解释，运用标准对企业经营活动进行评估，以确定本单位符合认证要求的程度。　第四步：改进和完善森林经营管理以实现森林的良好经营。在内部评估之后，森林经营单位应对森林经营中存在的不足加以改进，例如制定明确的经营目标，采取切实可行的实施步骤。

这些工作做好以后，森林经营单位就可以正式申请认证。通常情况下，FSC森林认证是按照下面的流程图进行的，在各个环节，认证机构和森林经营者都承担着相应的责任。