据我国目前的AEO制度建构，企业信用等级不同，适用的通关待遇与监管要求也存在差异。海关的总体管理原则为“诚信守法便利、失信违法惩戒”，对AEO企业适用通关便利措施，对一般信用企业适用常规管理措施，对失信企业则适用严密监管措施。 

与此同时，依托国家信用体系建设机制，海关还会将AEO企业通报各相关管理部门，实施联合激励措施；将失信企业通报各相关管理部门，对失信企业实施协调治理和联合惩戒。换言之，AEO企业不单单享有通关便利，在各个管理部门更是一路绿灯，能够令其竞争优势得到最大的发挥；而一旦被认定为失信企业，企业将面临“一处失信，处处受限”的局面。 

据统计，我国AEO企业共计40,364家，其中高级认证企业3,306家，约占全国海关注册企业总数的0.5%。与此同时，虽然一般认证企业与高级认证企业均属于AEO企业，单就目前与我国前述AEO互认安排的4个国家（地区）而言，互认范围还仅限于高级认证企业。而本着简政放权、转变职能的精神，海关将高级认证企业的评定时间缩短至90日，进出口企业申请高级认证企业可谓正当时。

根据《海关认证企业标准》的要求，高级认证企业总体包括内部控制、财务状况、守法规范、贸易安全和附加标准共计5大类18条32项指标，认证基础分数为100分，达标记为0分，部分达标以及不达标分别记为-1和-2分，企业如要通过高级认证，需逐项对自我展开评估核查，经海关审核所有项目不存在不达标情形且最后认证标准总分达95分以上。

由于AEO的适用范围不仅仅限于海关部门，还会涉及工商、商务、税务、外管、公安、检验检疫等部门，故而在对AEO进行审核判断时，海关的关注点也不拘于企业的进出口业务，因此AEO认证工作需要企业内部各部门间的整体配合协调。